Em parceria com a Secretaria de Estado da Saúde, o Instituto Acqua faz a gestão das maternidades de Alta Complexidade do Maranhão (antiga Maternidade Marly Sarney), Nossa Senhora da Penha e Benedito Leite, do Hospital Infantil Dr. Juvêncio Mattos, do Centro de Referência em Neurodesenvolvimento, Assistência e Reabilitação de Crianças (Ninar) e da Casa de Apoio Ninar.